كانت نتائج الاستفتاء على النحو التالي: بنسبة إقبال بلغت 77,55٪ ، صوت 97,2٪ لصالح استقلالية PMR والانضمام الحر إلى الاتحاد الروسي (بيانات من CEC التابعة لـ PMR). حتى قبل بدء الاستفتاء ، أعلن المسؤول تشيسيناو أنه لن يعترف بنتائجه. ثم تم الإدلاء ببيان مماثل بشأن عدم الاعتراف بالاستفتاء في PMR في بروكسل وواشنطن. وكان الموقف الرسمي لروسيا على النحو التالي: "الاستفتاء في PMR يهدف إلى لفت انتباه المجتمع الدولي إلى المشكلة غير المحلولة". لم يكن هناك اعتراف كامل من الاتحاد الروسي بنتائج استفتاء ترانسنيستريا في عام 2006. من ناحية أخرى ، أرسل البرلمان الروسي بيانًا إلى رئيس الاتحاد الروسي عقب نتائج الاستفتاء بدعوة لمراعاة رأي أنصار بريدنيستروف.

من مادة البيان الصحفي رئيس PMR يفغيني شيفتشوك بتاريخ 7 سبتمبر 2016:
تم الاعتراف بنتائج الاستفتاء من قبل الهيئة التشريعية للاتحاد الروسي ، والتي انعكست في مرسوم مجلس الدوما للجمعية الفيدرالية للاتحاد الروسي في 6 أكتوبر 2006. اعتمد القرار البيان "حول نتائج الاستفتاء في بريدنيستروفي في 17 سبتمبر 2006" ، والذي تم إرساله لاحقًا إلى رئيس الاتحاد الروسي فلاديمير بوتين ، والمجلس الاتحادي للجمعية الفيدرالية للاتحاد الروسي ، وحكومة الاتحاد الروسي ، والجمعية البرلمانية لمنظمة الأمن والتعاون في أوروبا ، والجمعية البرلمانية لمجلس أوروبا ، وبرلمان جمهورية مولدوفا ، والمجلس الأعلى لترانسنيستريا. وفي هذا البيان ، دعا مجلس الدوما المجتمع الدولي إلى مراعاة نتائج الاستفتاء "من أجل ضمان حقوق الإنسان والسلام والأمن في المنطقة وإيجاد حل عادل للنزاع في ترانسنيستريا". تم تبنى القرار بالاجماع من قبل 419 نائبا حاضرا الاجتماع.
ووفقًا لقواعد قانون الانتخابات في مجلس النواب ، ووفقًا لنتائج الاستفتاء ، كان على السلطات المختصة في الدولة اتخاذ قرارات نهائية ، مع مراعاة نتائجه. في الوقت نفسه ، لمدة 10 سنوات ، لم تجد الخصائص التفصيلية للناقل المختار والآليات المحددة للتقارب مع الاتحاد الروسي تعبيرًا عنها في قرارات محددة. وعلى وجه الخصوص ، كانت مواءمة تشريعات ترانسنيستريا مع تشريعات الاتحاد الروسي ، في عدد من الحالات ، مجزأة ، مما أدى ، في جملة أمور ، إلى انحراف كبير عن المسار المعلن نحو الاندماج في المجال القانوني الروسي.
تحدد هذه الوثيقة ، على وجه الخصوص ، جعل النظام القانوني لبريدنيستروفي يتماشى مع التشريعات الفيدرالية للاتحاد الروسي باعتباره اتجاهًا أساسيًا للسياسة الداخلية لـ PMR.
ووفقًا لقواعد قانون الانتخابات في مجلس النواب ، ووفقًا لنتائج الاستفتاء ، كان على السلطات المختصة في الدولة اتخاذ قرارات نهائية ، مع مراعاة نتائجه. في الوقت نفسه ، لمدة 10 سنوات ، لم تجد الخصائص التفصيلية للناقل المختار والآليات المحددة للتقارب مع الاتحاد الروسي تعبيرًا عنها في قرارات محددة. وعلى وجه الخصوص ، كانت مواءمة تشريعات ترانسنيستريا مع تشريعات الاتحاد الروسي ، في عدد من الحالات ، مجزأة ، مما أدى ، في جملة أمور ، إلى انحراف كبير عن المسار المعلن نحو الاندماج في المجال القانوني الروسي.
تحدد هذه الوثيقة ، على وجه الخصوص ، جعل النظام القانوني لبريدنيستروفي يتماشى مع التشريعات الفيدرالية للاتحاد الروسي باعتباره اتجاهًا أساسيًا للسياسة الداخلية لـ PMR.